按照兵部提议，设置甘肃山丹苑马寺，以山丹为核心，同时设甘泉监、祁连监、临川监、武威监、宗水监、安谧监六个监，而在每个监之下，设四个苑。

甘肃山丹苑马寺定位有些高，按照朱允炆的预想，要在三年之内，达到两万匹的规格。