擢升为川陕总督。至此，年羹尧成为西陲的重臣要员，颇受康熙恩宠与重用，风头一时无两。

同年九月，青海郭罗克叛乱，年羹尧在正面进攻的同时，又利用当地部落土司之间的各种矛盾，并且辅之以“以番攻番”之策略，迅速的平定了这场叛乱。康熙龙颜大悦，再次下旨嘉奖年羹尧。

次年十一月，康熙招抚远大将军、贝子胤祯回京，命年羹尧与管理抚远大将军印务的延信共同执掌军务。

康熙六十一年农历十一月十三日，康熙帝崩于畅春园，终年六十九岁，庙号圣祖，谥号合天弘运文武睿哲恭俭宽裕孝敬诚信中和功德大成仁皇帝，葬于景陵，传位于皇四子胤禛。