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张闲根据华兴军以往的策略，采用战时管理办法，成立了临时军政府，暂时性的管理新疆的军政、民政。等新疆真正平定后，才由乔志清任命政府官员，正式按照新中国的行政和法律管理新疆。

临时军政府在占领区内筹建政府机构，划定各个市县。任命和华兴军亲近的异族首领为政府的官员，采用民族自治政策，自己管理自己族内的事务。

乌鲁木齐也暂时划定为新疆的省会，政府的官员由乌鲁木齐本地的汉人推选担任。乌鲁木齐作为新疆最大的汉人聚居的城市，也应该保持汉人的绝对地位。

新疆的汉人从乾隆年间戍边垦荒，发展到现在已经有数十万之多。不过随着陕西回乱波及到了新疆，后来又加上阿古柏作乱。汉人们先后遭到屠杀。到华兴军拿下乌鲁木齐后，汉人们只剩下十几万人。

华兴军目前只能先稳定住新疆的大局，和异族妥协。在完成第一个目标后，关内也将开始大举向新疆移民。等到汉族的人数在新疆占据绝对优势的时候，也才是真正整治新疆的开始。